be ingには①進行（アクティブ）②確定（ソリッド）のイメージがあります。
I will be waiting for you.
②の意味にwillをつけることによって「弱め」たものが「成り行き」ということを表します。
よって上記の英文も
「私たちは待っていますが，都合で来れなくなっても大丈夫です。お気になさらず」のニュアンスがでるのです。これをWe are waitingだと「私たちは確実に待っていますからあなたも確実にきてくださいね」というニュアンスを与えることになるので避ける傾向にあります。